Początki Katedry sięgają 1981 roku, kiedy to został powołany Zakład Przetwórstwa Produktów Zwierzęcych - jedna z 6 samodzielnych jednostek naukowo badawczych Instytutu Technologii Żywności i Żywienia Człowieka, Oddziału Technologii Żywności przy Wydziale Rolniczym Akademii Rolniczej w Krakowie. Kierownikiem Zakładu w 1984 roku został prof. dr hab. inż. Tadeusz Kołczak (wówczas docent). W latach 1981 – 1993 pracownikiem Zakładu był prof. dr hab. inż. Jan Kisza, dr h.c. z Akademii Rolniczo-Technicznej w Olsztynie, który prowadził wykłady z zakresu technologii mleczarstwa. W 1994 roku do Zakładu zostali zatrudnieni dr hab. inż. Genowefa Bonczar i dr hab. inż. Tadeusz Grega z Wydziału Zootechnicznego, dzięki czemu Zakład mógł być przekształcony w Katedrę Przetwórstwa Produktów Zwierzęcych. W 2004 roku kierownikiem Katedry została prof. dr hab. inż. Genowefa Bonczar, która sprawowała tę funkcję do 2011 roku. W 2006 roku Zespół Przetwórstwa Mięsa Katedry wzmocnił kadrowo prof. dr hab. inż. Władysław Migdał z Wydziału Zootechnicznego. Od 2011 roku kierownikiem Katedry jest prof. dr hab. inż. Jacek Domagała. Do 2021 roku w Katedrze wykonano 32 prace doktorskie, 9 osób uzyskało stopnie doktora habilitowanego, a 5 osób - tytuł naukowy profesora.

Profesorowie emerytowani Katedry:
  Prof. dr hab. inż. Tadeusz Kołczak (zm. 2019)
  Prof. dr hab. inż. Jan Kisza, dr h.c. (zm. 2016)
  Prof. dr hab. inż. Tadeusz Grega (zm. 2014)
  Prof. dr hab. inż. Krystyna Palka
  Dr hab. inż. Monika Wszołek, prof. UR
  Prof. dr hab. inż. Genowefa Bonczar